La mesa directiva de la Asociación Mexicana de Estudios Internacionales (AMEI) está conformada por la Presidencia de Honor, el Consejo de Honor, el Comité Ejecutivo, las Vicepresidencias, los Comités Académicos y las Vocalías.
En cuanto al Consejo de Honor, este está conformado por invitados especiales y por todos los ex presidentes de la AMEI. Los miembros de este consejo son poseedores de una sólida trayectoria profesional que los convierten en internacionalistas del más alto nivel.
Por su parte, el Comité Ejecutivo se encarga de coordinar las actividades de la asociación y es el principal órgano tomador de decisiones. Se encuentra conformado por las siguientes instancias:
- Presidencia
- Secretaría General
- Dirección Ejecutiva
- Secretaría de Vinculación Institucional
- Tesorería
- Secretaría de Información y Difusión
- Secretaría de Logística
- Secretaría de Publicaciones
- Secretaría de Organización del Congreso Anual
- Membresías
- Protocolo
En lo referente a las Vicepresidencias, cada titular asume el cargo de manera honorífica. Ofrecen recomendaciones de propuestas y actividades para que el Comité Ejecutivo las pueda implementar. Su nombramiento está a cargo de la Presidencia a recomendación tanto de la Presidencia de Honor como del Consejo de Honorde con base en su formación académica y trayectoria profesional. Al ser personalidades con una sólida trayectoria, su participación resulta vital en la consolidación de la labor que realiza la AMEI. No hay un número máximo de titulares de las Vicepresidencias.
En lo correspondiente a los Comités Académicos, estos están coordinados por académicos de renombre en sus áreas de especialización. Así, cada coordinador garantiza la calidad académica de las actividades que realiza la asociación. La Presidencia está a cargo de la creación de estos comités y de nombrar a sus coordinadores.
En lo concerniente a las Vocalías, estas están en manos de académicos líderes en sus instituciones quienes fungen como representantes institucionales ante la AMEI. Con ello garantizan que sus instituciones tengan voz y voto en las actividades realizadas por la asociación. Para la AMEI, la labor de las Vocalías es imprescindible porque, además de generar ideas, difunden el trabajo realizado por la asociación entre la comunidad estudiantil a nivel nacional.
La mesa directiva de la AMEI sesiona de forma extraordinaria y las decisiones se toman por mayoría simple en donde cada integrante tiene un voto. Su estructura se renueva cada dos años y, a excepción de la Presidencia de Honor y el Consejo de Honor, la conformación de la Mesa Directiva está sujeta a actualizaciones.