La mesa directiva de la Asociación Mexicana de Estudios Internacionales (AMEI) está conformada por el Presidente de Honor, el Comité Ejecutivo, los Vicepresidentes, los Comités Académicos, los Vocales y el Consejo de Honor. En lo que respecta al Presidente de Honor, este puesto corresponde al Dr. Modesto Seara Vázquez, fundador de la AMEI. Funge como presidente de honor AMEI desde 1993.
Por su parte, el Comité Ejecutivo se encuentra conformado por el Presidente, el Secretario General, la Tesorera, la Directora Ejecutiva y el Secretario de Organización y Difusión. Este comité se encarga de coordinar las actividades de la asociación y es el principal órgano tomador de decisiones.
En lo referente a los Vicepresidentes, éstos son nombrados por invitación del Presidente de Honor y del Presidente con base en su formación académica y trayectoria profesional. Al ser personalidades con una sólida trayectoria, su participación resulta vital en la consolidación de la labor que realiza la AMEI. No hay un número máximo de Vicepresidentes.
En lo correspondiente a los Comités Académicos, estos están coordinados por académicos de renombre en sus áreas de especialización. Así, cada coordinador garantiza la calidad académica de las actividades que realiza la asociación. El Presidente es el encargado de crear estos comités y nombrar a sus coordinadores.
En lo concerniente a los Vocales, éstos son académicos líderes en sus instituciones que fungen como representantes institucionales ante la AMEI. Con ello garantizan que sus instituciones tengan voz y voto en las actividades realizadas por la asociación. Para la AMEI, la labor de los Vocales es imprescindible porque, además de generar ideas, difunden el trabajo realizado por la asociación entre la comunidad estudiantil a nivel nacional.
Asimismo, el Consejo de Honor está conformado por invitados especiales y por todos los ex presidentes de la AMEI. Los miembros de este consejo son poseedores de una sólida trayectoria profesional que los convierten en internacionalistas del más alto nivel.
La mesa directiva de la AMEI sesiona de forma extraordinaria y las decisiones se toman por mayoría simple en donde cada integrante tiene un voto. Su estructura se renueva cada dos años y, a excepción del Presidente de Honor y el Consejo de Honor, el resto de los integrantes puede cambiar.
